История усадьбы Марфино восходит к XVI в. Тогда усадьбой владел боярин Василий Петрович Головин, служивший при Иване Грозном воеводой, потом — Ф. Бутурлин. С 1585 г. усадьбой владел видный политический деятель эпохи Ивана Грозного и Бориса Годунова, думный дьяк Василий Щелкалов. В первой половине XVII столетия вотчиной владели Головины, а с 1650 г. — думный дьяк С. И. Заборовский. В 1698 г. Шабрино-Марфино приобрел «дядька» Петра I, князь Борис Алексеевич Голицын. По одной из версий, Марфино названо в честь супруги Бориса Алексеевича — Марфы. Ранее это было село Шабрино.